肖厝港处于湄洲湾西岸,海湾深入内地18海里,三面为山峦环抱,岛屿罗列湾中。港内水域平稳,海域宽阔,面积达516平方公里。主航道水深13~35米,长27.5公里,宽800~1200米,深水岸线21.4公里。