咸和五年(330年),东晋分九江郡(治今寿县)设钟离郡,治钟离县(治凤阳县临淮关)。义熙元年(405年),钟离郡改属徐州(治燕县,原钟离县,侨置燕县取代原钟离县,今凤阳县临淮关)。刘宋泰始七年(471年),钟离郡属南兖州。元徽元年(473年),属北徐州(治凤阳县临淮关)。