天主教台南教区(拉丁文:dioecesis tainanensis),为天主教在台湾西南部设置的一个教区,成立于1961年,涵盖范围包括台南市及澎湖县。现任教区主教为林吉男主教,副主教为萧明昆神父,教区内共有约300位神父及600位修女服务。