叶尔羌河发源于喀喇昆仑山脉,水系含叶尔羌河、提孜那甫河、柯克亚河与乌鲁克河等四条河流,流经喀什地区的叶城县、塔什库尔干塔吉克自治县、泽普县、莎车县、麦盖提县、巴楚县及克孜勒苏柯尔克孜自治州境内的阿克陶县,流入阿克苏地区的阿瓦提县与和田河汇合后注入塔里木河,河流全长1179公里,多年平均年径流量75.71亿立方米。