万石湖是1952年10月建成的水库,蓄水15万立方米,植物园的各个园区,环绕在万石湖周边。水库经过多年的修饰和建设,现已成为十分秀美的平湖,湖边可欣赏到厦门传统小八景之一的“万石涵翠”,也是厦门二十名景之一。