莆田港的管辖范围包括湄洲岛北部水域及其相关海岸线,莆田海关、莆田检验检疫局、莆田边检站和莆田海事局四个口岸查验单位。按照国家相关规定,建设和完善口岸现场的查验通关生活办公、口岸无害化处理、船舶搜救及维修维护、防油防污、船舶安全通航等配套设施,并由海关总署组织相关部门验收。