南店社区位于北京市昌平区回龙观街道办事处最南端,也是昌平区最靠南的一个自然村和海淀区仅一路之隔,村北紧靠京张铁路和城市轻轨,原北邻的北店村现已拆迁,代之以回龙观文化居住区。村南为西三旗路,八达岭高速公路在村西侧通过。