敦化县的历史较为悠久,远在上古三代为肃慎地,汉代属玄菟郡的上殷台,晋时属挹娄地,北魏时期属勿吉地,隋至唐初为白山靺鞨部.
1985年2月28日,吉林省人民政府(吉政发36号)文件通知,国务院2月11日国函字24号文件批准,撤销敦化县,设立敦化市(县级)。