环境水质学国家重点实验室在我国著名的水质学家汤鸿霄院士的领导下于1989年建立,为环境模拟与污染控制国家重点联合实验室的一个组成部分,1991年通过国家验收,1993年通过评估后对外开放。现任实验室主任为杨敏博士。